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【办公室】
组织、协调机关日常工作，承办机关文电、调研、档案、会议、信息、网络、督查、宣传、信访、保密、保卫、行政及资产管理工作。
【政策法规科】
草拟有关林业的规章，研究提出贯彻执行国家在林业生态环境建设、森林资源保护、国土绿化、林业产业和防治水土流失方面的综合性意见；承办林业执法监督、行政诉讼和行政复议；开展林业普法教育。
【计划财务科】
编制林业建设总体规划、计划；研究提出林业经济发展调节意见；管理林业基本建设、林业事业费、林业基金及林业专项贷款计划和机关财务；负责林业行业统计；负责市直属国有林场财务管理和国有资产的监督；监管林业资产及林业资金的使用，指导林业财会工作，负责引进外资和内部审计工作。
【营林科】
编制营林发展规划、计划，组织开展植树造林、封山育林、林木育种、森林经营和防沙治沙工作；指导城市林业的建设；组织、指导植树、种草等生物措施防治水土流失工作；组织、指导商品林（包括用材林、经济林、薪炭林）和风景林的培育和管理；指导监督外资造林项目的实施；指导国有苗圃的建设和管理。组织、指导和监督森林病虫鼠害的防治、检疫工作。编制林业科技发展规划和计划；指导林业科研、技术开发、科技推广、技术监督、标准化和专利管理等工作；指导林业科技体制改革和林业技术市场建设；组织协调林业系统经济技术对外合作与交流活动；组织林业科技工作者开展学术研讨、学术交流、科技考察等活动，宣传、普及林业科学知识。
【林政科】
负责森林资源动态监测和调查设计；审核并监督森林资源的使用；组织编制林业用地利用规划和森林采伐限额并监督执行；监督林木、竹林的凭证采伐、运输、加工；指导基层林业工作机构的建设和管理；依法管理林地、林权，审核征占用林地，监督林地开发利用工作；指导森林公园建设，协调森林生态旅游的宏观管理。
【森林防火办公室】
指导、监督、组织协调森林防火、市县（区）界联防工作；指导县（区）林火监测系统的建设和防火监测终端设备、无线通讯系统的规划和维护管理；编制森林防火基础设施建设规划、计划，并组织实施监督；监测和传递森林火灾信息；协调有关部门进行森林消防监督；制定扑救森林火灾预案，督促和协助县（区）扑救重大森林火灾；指导森林消防队伍建设。
【人事科】（机关党委办公室、纪监组与其合署办公）
负责机关和指导直属单位的机构编制、干部管理和人事、计划生育、劳动工资、劳动保险、医疗保险、出国政审、职工教育培训等管理工作；指导本行业劳动保护；负责专业技术资格评审组织工作和行业特有工种职业技能鉴定工作；协同有关部门指导林业人才队伍建设和专业技术人员的管理，管理林业行业专业技术资格。负责机关和指导直属单位的监察、纪律检查工作；负责机关和指导直属单位党的建设和工会、青年、妇女等群众团体工作；指导林业系统思想政治工作和精神文明建设。
【林场科】
负责指导市直属国有林场的生产经营、安全生产；负责市直国有林场基本建设、产业发展、专项贷款等项目的立项申报、咨询、论证等服务工作；负责管理市直属国有林场国有资产；负责林区公路建设和维护管理工作；负责编制林业公路改造、维修计划和下达年度林业公路养护补助计划；指导市、县林区重点公路的养护工作；监管和回拨林业公路养路费。
【惠州市公安局森林分局】（简称森林公安分局）
主要负责协调和督促查处破坏森林资源的刑事案件和林区治安案件，指导林区和局直属单位的安全保卫、治安综合治理工作；组织、指导全市森林公安工作和森林公安队伍建设；负责局以及局直属单位安全生产工作。
【惠州市自然保护区与野生动植物保护办公室】
主要负责自然保护区的日常管理和对外业务工作，指导自然保护区以及其管理机构的建设和发展；开展对自然资源的科学研究，引种、培育、繁殖珍稀动植物；统筹安排和管理自然保护区专项资金；负责野生动植物保护管理和业务指导，受权查处违反野生动植物保护法律、法规的违法行为；负责全市自然保护区、自然保护小区、野生动物禁猎区和狩猎区的管理，以及对野生动植物驯养繁殖（培育）单位的监督管理；负责全市野生动植物资源调查、陆生动物疫源疫病的监测、野生动物的拯救工作；组织、协调湿地保护、沿海红树林保护和有关国际公约的履约工作。
【惠州市生态公益林管理办公室】
主要负责管理国家、省、市级生态公益林和林业重点生态工程建设，承担全市沙化土地的监测；负责生态公益林的效益补偿工作。
【惠州市绿化委员会办公室】（简称绿委办）
主要承担市绿化委员会的日常工作，协调组织和指导各部门开展全民义务植树和国土绿化的编制规划、宣传发动、组织协调、监督检查和评比表彰工作。
【惠州市山林权属争议调处办公室】（按内设机构管理）
主要负责依法办理本级人民政府调处林地林权争议的具体工作；调解处理县（区）之间的林地林权争议，协调处理与邻市之间的林地权属争议；受理群众有关林地林权争议的来信、来电、来访；指导、协调县（区）处理林地林权争议工作。
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